ในปัจจุบัน เทคโนโลยีการประเมินความสามารถทางพันธุกรรมโคนมในประเทศไทยอยู่บนพื้นฐานของ “การทำนายค่าดีที่สุดโดยไม่มีอคติเชิงเส้น (BLUP; Best Linear Unbiased Prediction)” โดยใช้ข้อมูลลักษณะปรากฎ (Phenotype) ร่วมกับข้อมูลพันธุ์ประวัติ (Pedigree) ของโคนมแต่ละตัว องค์การส่งเสริมโคนมแห่งประเทศไทย (อ.ส.ค.) เป็นหน่วยงานหลักที่ประเมินความสามารถทางพันธุกรรมของโคนมที่ถูกเลี้ยงดูของเกษตรกรที่เป็นสมาชิก และผลิตพ่อพันธุ์โคนมที่มีพันธุกรรมดี ด้วยข้อมูลที่จัดเก็บและบันทึกโดยบุคลากรของตนเอง ตั้งแต่ พ.ศ. 2539  มาจนถึงปัจจุบัน โดยความร่วมมือกับมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และมหาวิทยาลัยฟลอริดา (ประเทศสหรัฐอเมริกา) “คุณค่าการผสมพันธุ์ (EBV; Estimated Breeding Value)” สำหรับโคนมพันธุ์แท้และลูกผสมแต่ละตัวถูกทำนายโดยใช้แบบจำลองสัตว์หลายลักษณะ ที่ประยุกต์ใช้สำหรับประชากรสัตว์หลากหลายพันธุ์ของประเทศไทย (Koonawootrittriron et al., 2002) ผลการประเมินเหล่านี้ถูกเผยแพร่และแจกจ่ายให้กับเกษตรกรได้นำไปใช้ประโยชน์ในรูปของหนังสือ “ค่าการผสมพันธุ์โคนม อ.ส.ค.” เป็นประจำทุกปี

แนวโน้มการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมและลักษณะปรากฏ สำหรับลักษณะที่สำคัญทางเศรษฐกิจในโคนมได้รับการพิจารณาในประเทศไทย ตั้งแต่ พ.ศ. 2539 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ บันทึกการเปลี่ยนแปลงลักษณะที่สำคัญทางเศรษฐกิจของโคนมในประชากรในช่วงเวลาที่เปลี่ยนแปลงไป ประเมินผลกระทบจากการคัดเลือกพันธุ์และการจับคู่ผสมพันธุ์ที่ดำเนินการโดยเกษตรกร และพิจารณาปรับปรุงด้านต่างๆ ที่เป็นประโยชน์ต่อการเพิ่มผลผลิต อย่างไรก็ตาม น่าเสียดายที่ “แนวโน้มการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมสำหรับการให้ผลผลิตน้ำนมรวมที่ 305 วันมีค่าต่ำ (น้อยกว่า 4 กิโลกรัมต่อปี) และมีค่าใกล้ศูนย์สำหรับองค์ประกอบของน้ำนม” (กรมปศุสัตว์, 2552; Koonawootrittriron et al., 2004; Koonawootrittriron et al., 2009; Sarakul et al., 2010) นอกจากนี้ แนวโน้มการเปลี่ยนแปลงสำหรับการให้ผลผลิตน้ำนมรวมที่ 305 วัน ยังมีความผันแปรแตกต่างกันไปตามกลุ่มประชากรโคนมที่ปรากฏในประเทศไทย ตั้งแต่ 12 กิโลกรัมต่อปี (Sarakul et al., 2010) ถึง 60 กิโลกรัมต่อปี (กรมปศุสัตว์, 2552) ลักษณะเช่นนี้ชี้ให้เห็นถึง “ความจำเป็นในการเพิ่มอัตราการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมและลักษณะปรากฏให้มีค่ามากยิ่งขึ้น” ทั้งนี้เพื่อให้เกษตรกรสามารถผลิตน้ำนมดิบได้อย่างมีประสิทธิภาพและอยู่รอดในการแข่งขันทางเศรษฐกิจได้อย่างยั่งยืน

ในปัจจุบัน การคัดเลือกโดยการพิจารณา “ค่าการผสมพันธุ์จีโนม (GEBV; Genomic Estimated Breeding Value)” ปฏิวัติการปรับปรุงพันธุ์โคนมในหลายประเทศ (เช่น สหรัฐอเมริกา แคนาดา ออสเตรเลีย นิวซีแลนด์ และ เนเธอร์แลนด์) ค่าการผสมพันธุ์จีโนมของโคนมแต่ละตัวถูกทำนาย โดยใช้ข้อมูลลักษณะปรากฏ พันธุ์ประวัติ และข้อมูลทางพันธุกรรม ซึ่งมีผลทำให้ค่าการผสมพันธุ์ดังกล่าวมีความแม่นยำมากกว่าค่าการผสมพันธุ์โดยทั่วไปของโคนมแต่ละตัวเหล่านั้น (VanRaden, 2008, VanRaden et al., 2009) นอกจากนี้ ความก้าวหน้าของเทคโนโลยี DNA microarray genotyping ในปัจจุบัน ส่งผลให้ “การจำแนกรูปแบบทางพันธุกรรม (ความแตกต่างทางพันธุกรรม เช่น SNPs เป็นต้น) ของโคนมรายตัว สามารถทำได้ครั้งละจำนวนมากและใช้ต้นทุนต่ำอย่างมีประสิทธิภาพ” เทคโนโลยีดังกล่าวช่วยให้จำแนกรูปแบบทางพันธุกรรมของโคนมแต่ละตัว ได้ตั้งแต่ 2,900 SNPs (Bovine3K Genotyping BeadChip, Illumina^®) ถึง 777,000 SNPs (BovineHD Genotyping BeadChip, Illumina^®) ครอบคลุมทั่วทั้งจีโนมของโคนม รายละเอียดข้อมูลทางพันธุกรรมของโคนมที่ถูกระบุทั่วทั้งจีโนมนี้ เปิดโอกาสให้นักปรับปรุงพันธุ์สามารถนำไปใช้ประโยชน์ใน “การทำนายคุณค่าทางพันธุกรรมของสัตว์แต่ละตัว ได้ตั้งแต่แรกเกิดด้วยความเชื่อมั่นสูง” ซึ่งรูปแบบการปฏิบัติดังกล่าวมีผลในการลดระยะห่างระหว่างรุ่น และลดต้นทุนในการปรับปรุงพันธุกรรมโคนมภายในประชากร นอกจากนี้ ข้อมูลดังกล่าวยังสามารถนำมาใช้ใน “การคัดกรองพ่อแม่พันธุ์โคนมสำหรับใช้ประโยชน์ในการจับคู่ผสมพันธุ์และการปรับปรุงพันธุ์ภายในประชากร” ได้อย่างมีประสิทธิภาพ อีกทั้งยังมีส่วนช่วยใน “การกำหนดคุณสมบัติทางพันธุกรรมสำหรับลักษณะที่สำคัญทางเศรษฐกิจ การตรวจสอบบรรพบุรุษ และการตรวจสอบย้อนกลับ”

ในการเพิ่มอัตราการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมสำหรับลักษณะที่สำคัญทางเศรษฐกิจของโคนมในประเทศไทย “ความแม่นยำ” ในการทำนายค่าจำเป็นต้องมีค่าเพิ่มมากขึ้น เพื่อให้สามารถระบุตัวสัตว์ที่ดีที่สุดสำหรับการคัดเลือกได้อย่างมีประสิทธิภาพ  ซึ่ง ทางเลือกหนึ่งในการเพิ่มความแม่นยำของการทำนายคุณค่าการผสมพันธุ์ คือ “การใช้ประโยชน์จากข้อมูลทางพันธุกรรมในระดับจีโนมของสัตว์แต่ละตัว ร่วมกับข้อมูลพันธุประวัติและลักษณะปรากฏ” ซึ่งในการดำเนินงานดังกล่าวจำเป็นต้องจัดเก็บตัวอย่าง (เช่น เลือด เนื้อเยื่อ หรือรากขน) ของสัตว์ทุกตัว (พ่อพันธุ์ แม่พันธุ์ และโครีดนม) ในประชากรอ้างอิง สกัดสารพันธุกรรมหรือดีเอ็นเอจากตัวอย่าง และตรวจหาข้อมูลความแตกต่างทางพันธุกรรมในระดับจีโนมของสัตว์แต่ละตัว ด้วยเครื่องมือทางพันธุกรรม (เช่น BeadChip)

มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยฟลอริดา (ประเทศสหรัฐอเมริกา) และองค์การส่งเสริมกิจการโคนมแห่งประเทศไทย ตระหนักถึงความสำคัญในการเร่งพัฒนาศักยภาพทางพันธุกรรม สำหรับลักษณะที่สำคัญทางเศรษฐกิจของโคนมที่ถูกเลี้ยงดูในประเทศไทย จึงได้ร่วมมือกัน “พัฒนาระบบการประเมินพันธุกรรมจีโนม สำหรับโคนมที่ถูกเลี้ยงดูและให้ผลผลิตภายใต้สภาพแวดล้อมของประเทศไทย” โดยจะเริ่มดำเนินการในช่วงต้นปี พ.ศ. 2554 และเนื่องจากการพัฒนาระบบการประเมินพันธุกรรมจีโนมนี้ เป็นขั้นตอนที่เป็นผลมาจากความพยายามในการเพิ่มอัตราความก้าวหน้าทางพันธุกรรมของโคนมในประเทศไทยอย่างต่อเนื่องและเป็นสิ่งถูกขอให้ดำเนินการ โดยหน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับการผลิตน้ำนมดิบและเกษตรกร ผลลัพธ์ที่ได้จากการพัฒนาระบบดังกล่าวจึงสามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้ทันทีโดยเกษตรกรผู้เลี้ยงโคนม ทั้งที่อยู่ในความดูแล อ.ส.ค. และองค์กรอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการผลิตน้ำนมดิบในประเทศไทย  

ประโยชน์ของระบบการประเมินพันธุกรรมจีโนมสำหรับประชากรโคนมในประเทศไทยมีแนวโน้มที่จะเพิ่มศักยภาพทางพันธุกรรมของโคนม “ในสัดส่วนที่มากกว่า” ในประเทศที่พัฒนาประชากรโคนมแล้ว เช่น สหรัฐอเมริกา แคนาดา นิวซีแลนด์ และเนเธอร์แลนด์ เป็นต้น ทั้งนี้เนื่องจากประชากรโคนมในประเทศไทยมีขนาดเล็กกว่า ดังนั้นความแม่นยำในการประเมินพันธุกรรมจีโนมจึงสามารถเพิ่มขึ้นในสัดส่วนที่มากกว่าเมื่อเปรียบเทียบกับคุณค่าการผสมพันธุ์ที่ทำนายได้ด้วยวิธีดั้งเดิม

ระบบการประเมินพันธุกรรมจีโนมนี้ จะช่วยให้องค์การส่งเสริมกิจการโคนมแห่งประเทศไทย กรมปศุสัตว์ และองค์กรอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการผลิตน้ำนมดิบ สามารถ “ลดช่วงเวลาและค่าใช้จ่ายในการผลิตและพิสูจน์พ่อพันธุ์เพื่อการผสมเทียม จาก 5 ถึง 6 ปี เหลือเพียง 2 ปี” เกษตรกรจึง “มีโอกาสใช้ประโยชน์จากค่าทำนายพันธุกรรมจีโนม (GEBV) ในการตัดสินใจคัดเลือกพ่อและแม่พันธุ์โคนมตั้งแต่อายุยังน้อยและมีความแม่นยำสูงกว่าค่าทำนาย (EBV) ในปัจจุบัน”  นอกจากนี้ นักศึกษาหรือบุคลากรที่ผ่านการฝึกอบรมและมีส่วนร่วมในการพัฒนาโมเดลและวิธีการประเมินพันธุกรรมจีโนมยังมีโอกาสเป็น ส่วนหนึ่งของระบบการประเมินพันธุกรรมจีโนมใหม่ ที่จะถูกนำไปใช้โดยอุตสาหกรรมนมของประเทศไทย บุคคลเหล่านี้จะมีบทบาทสำคัญต่อ “การเสริมสร้างความเข้มแข็งและยกระดับความสามารถ ในการแข่งขันทางเศรษฐกิจของอุตสาหกรรมนมไทยให้ยั่งยืนต่อไปในอนาคต”